冠状动脉造影是一种有创伤性的检查方法，因此也不可避免的会发生一些并发症。总的来说并发症的发生率并不高而且也较轻，但严重时也可危及生命。冠状动脉造影最严重的并发症是死亡，其发生率约0．1%，主要发生在年龄大、心功能差及冠状动脉病变严重的患者。另一种严重的并发症是急性心肌梗死，其发生率更低，约0．05%-0．07%。其他并发症有心律失常、脑栓塞、肺栓塞、穿刺部位出血、血肿、假性动脉瘤、夹层动脉瘤、过敏反应、低血压、导管打折、打结等。